У маленьких дітей при гормональних порушеннях лікування може полягати в ін’єкціях Тестостерон, дозування і регулярність прийому яких встановлює ендокринолог. Це добре дотримане лікування збільшує розмір пеніса. Якщо мікропеніс викликаний тканинами статевого члена, нечутливими до тестостерону, це гормональне лікування не має ефекту.

Чим раніше буде виявлено мікропеніс, тим швидше буде розпочато лікування, тим ефективнішим воно буде. Лікування також може знадобитися в період статевого дозрівання. Після статевого дозрівання гормональне лікування вже неефективне, оскільки тканини більше не реагують так само.

Хірургічне лікування мікропеніса     

У дорослому віці, коли мікропеніс не лікувався або коли лікування було недостатньо ефективним, хірургія можливо. Однак це не завжди дає переконливі результати.

Розріз зв'язки суспензорний статевого члена, який йде від статевого члена до лобка, може бути запропонований. Він жодним чином не змінює пеніс, але частково відокремлює його від лобка, роблячи його довшим. Спостережений приріст становить 1-2 см у млявому стані та 1,7 см у ерекції. Це подовження досягається за рахунок нестабільного ерегованого пеніса, оскільки він гірше прикріплений до лобка, що може ускладнити проникнення.

THEаутологічне введення жиру передбачає введення жиру суб’єкта під шкіру його пеніса. Це ніяк не подовжує пеніс, але візуально робить його товщі. Тільки частина накопиченого жиру не засвоюється організмом з часом (від 10 до 50% залежно від суб’єкта). Розсмоктування може відбуватися нерівномірно і призводити до появи «розарію» пеніса.

Мікропеніс може мати значні психологічні наслідки, особливо в підлітковому віці, важливо, щоб людині допомогли та врахували її сумніви.